Los expedientes que se producen en el ejercicio de las funciones de la UNLP tienen una orientación institucional-académica-administrativa. Estos tipos documentales, manera en que en la administración pública se tramitan diversos tipos de asuntos- son producidos, gestionados y, en muchos casos, custodiados por las diversas secretarías, prosecretarías y direcciones de Presidencia. En la década del 20, como encargada de la caratulación y la guarda de los expedientes, se crea una Mesa General de Entradas y Archivo de Presidencia.
La caratulación de este tipo documental, como los Correspondes o Agregados, se realizó hasta 1963 con un número y con la primera letra del apellido de la persona o del nombre de la oficina iniciadora del trámite o con la sigla de la institución iniciadora del mismo. A partir de ese año, se le asignó una codificación numérica a cada dependencia de la UNLP. Si bien el código de Presidencia es el número 100, este fondo también está compuesto por documentos con códigos de dependencias que hoy forman parte de Rectorado (como por ejemplo la Dirección General de Sanidad -Cod. 1900- y el Comedor Universitario -Cod. 2100-).
Dentro de Presidencia de la Universidad, además de Mesa General de Entradas y Archivo, hay otras tres oficinas que caratulan, guardan y producen expedientes: Dirección General de Administración (Mesa de Dirección de Administración – MEDA), Compras (Mesa de comparas – MECOM) y Administración de Presidencia (Administración de Rectorado – AR). En la actualidad, éstas producen los expedientes bajo el código 100, agregándole a él las siglas que les corresponden y que están señaladas anteriormente. Estos trámites suelen ser internos, sobre el funcionamiento de la Universidad, mientras que los expedientes caratulados por Mesa General de Entradas y Archivo son de carácter más general.
Para dar comienzo a un trámite, la oficina de Presidencia, la institución o el individuo en cuentión deben ingresar una nota o formulario por Mesa de Entradas. De este modo -sea una correspondencia, una resolución o un formulario- todo se encuentra presente en los expedientes. Entonces, estos últimos resultan un conjunto de documentos o actuaciones administrativas, originados a solicitud de parte interesada o de oficio y ordenados cronológicamente, en el que se acumulan informaciones, dictámenes y todo otro dato o antecedente relacionado con la cuestión tratada, a efectos de lograr los elementos de juicio necesarios para arribar a conclusiones que darán sustento a la resolución definitiva (Decreto 333/85). Es decir, son documentos compuestos que deberían resolver un asunto; sin embargo, en muchos casos, gestionan más de una cuestión asociada siempre a un tema, persona, o materia específica.
Estrechamente relacionadas con los expedientes, se conservan en este Archivo fichas de trámites de expedientes y actuaciones (con fechas extremas 1954-1999). Mesa General de Entradas y Archivo en el marco de sus competencias de organizar los expedientes para su correcta localización, produjo en 1954 fichas de trámites de expedientes y actuaciones siguiendo una guía titulada Organización del archivo. Guía para su clasificación. Precedida por breves y sencillas instrucciones para la confección de un catálogo temático, producida por la propia UNLP en 1932. Cada ficha contiene toda la información de los movimientos de los expedientes que se resuelven en Presidencia de la Universidad. Existe una ficha por cada expediente generado. Consultado estas fichas se podía ubicar la oficina en la que estaba el expediente y qué trámite se estaba realizando, como también el número de resolución con el que se daba por finalizado el trámite. Estas fichas fueron reemplazadas en el año 1999 por el Sistema Informatizado de Seguimiento de Expedientes-UNLP disponible solo para usuarios internos a la Universidad.
El Archivo Histórico de la UNLP conserva expedientes desde el año 1923 hasta el año 2002. Los expedientes desde el año 2003 a la actualidad están en Mesa General de Entradas y Archivo.