La Sección Pedagógica del Colegio Nacional de la Universidad Nacional de La Plata le fue confiada al pedagogo Ernesto Nelson, quien se desempeñó en ese cargo de 1910 a 1914. A pesar de su breve estadía en esa dirección tutorial su gestión institucional en el Internado representó un hito altamente destacado por las innovaciones implementadas. Dio predominio a las actividades prácticas en la enseñanza, a la formación de grupos de estudio y a nuevas experiencias de escolarización que toma como ejemplos de otras modernas instituciones secundarias . Además, se implementó el Laboratorio para experiencias a cargo de docentes y alumnos.
Nelson fue un impulsor de la filosofía educacional de Dewey, máximo representante de la Escuela Nueva o Educación Progresiva en Estados Unidos. La influencia del filósofo norteamericano en el Colegio Nacional es tomada e implementada por el pedagogo Ernesto Nelson.
El director-tutor de la Sección 2ª del Colegio platense –siguiendo el pensamiento del filósofo norteamericano– destacó la importancia de considerar la teoría en directa relación con la práctica; se interesó por el conocimiento empírico que responde a la ciencia experimental y concedió un gran valor a la vida escolar en libertad, que se expresa no sólo en lo individual sino en la solidaridad social .
Asimismo, concedió un espacio disciplinar destacado a los estudios sobre literatura y actividades artísticas a los que consideró necesarios para la formación humanística de los alumnos. En el ámbito de las ciencias, el Internado contaba con un excelente equipo de Laboratorio así como una actualizada Biblioteca y Sala de estudio.
También organizó un equipo de fútbol para el desarrollo de la educación física y cooperativa, una innovación curricular que fue rechazada por Víctor Mercante.
Nelson fue autor de varias obras sobre temáticas educacionales; entre ellas se destacan: Hacia la universidad futura;Las bibliotecas en Estados Unidos y Nuestros males universitarios.
Este último libro tuvo amplia circulación en el medio docente universitario. El cierre del Internado del Colegio Nacional se produce en 1920 por el Consejo General Universitario que se constituyó a partir de la concreción de las transformaciones institucionales que vinieron de la mano de la Reforma Universitaria de 1918.